这难道没对齐吗。。。

使用natbib宏包，具体可参考natbib说明文档。

\usepackage{natbib}
\renewcommand{\bibnumfmt}[1]{yourstyle}%修改参考文献序号样式
\renewcommand{\citenumfont}[1]{yourstyle}%修改引用样式
\bibpunct{\color{yourcolor}{[}}{\color{yourcolor}{]}}{,}{n}{}{;}%修改方括号颜色

应该需要usepackage[framemethod=TikZ]{mdframed}

你的第一种方法我编译后没有发现问题，底部没有空白。
第二种可以稍作修改，把原命令替换成下面的。

\newcommand\piyutwo[3]{
\tikz[baseline=(char.base)]{
\node[rectangle, draw=black, fill=black, font=\kaishu\color{white}, text centered, inner sep=0.25mm, line width=0.75pt] (char) {#1};
\node[rectangle, draw=black, fill=white, font=\kaishu\color{black}, text centered, anchor=west, inner sep=0.25mm, line width=0.75pt] (P) at ([xshift=-0.375pt]char.east) {#2};}\hspace{0.5em}{\kaishu #3}
}

结果如下图所示。

可以试一下paracol宏包