没看懂这是啥意思，第一次看到这样的参考文献格式。

编辑器集成的都是比较常用的部分，不要把他当成全 LaTeX 功能使用，很多功能达不到使用水平的。字体不全，宏包不全等等，问题很多。

这个真没遇到过？估计 LaTeX 做有点困难，除非一个个笔画当成汉字输入来做？

请提供详细代码？这样我猜不出来。

.pdf_tex 里面具体是什么？是不是文本文件？

要看具体代码的？这样说一下，不知道怎么做，可以加 \pagestyle{empty} 测试下

你应该调整的是 \marginpar{\framebox[2em]{\themargin}} 这里的对齐和高度才可以，不能对着命令去做，徒劳了。

很简单的理解就是 一个是保持图片的总高度，比如旋转45度，变成了对角线的高度了，图片自然缩小了。一个是保持图片原始高度，这样旋转就会出现第二种情况。实际使用插图这类操作几乎用不到。

你如果是论文，这样映射只是省事，还是找个好用的编辑器支持正则表达式的，批量替换来得彻底一点。

用下面的例子看看：

\documentclass[11pt]{ctexbook}
\usepackage[ruled,vlined,linesnumbered,algo2e,resetcount,algochapter]{algorithm2e}
\usepackage{algorithm}

\makeatletter
\renewcommand\thealgorithm{\thechapter.\arabic{algorithm}}
\@addtoreset{algorithm}{chapter}
\makeatother

\begin{document}
\chapter{测试算法章节}
引用算法 \ref{Algorithm:C4}：
\begin{algorithm}[!hbp] 
    \DontPrintSemicolon
    \hspace{-0.5em}\KwIn{
        最大迭代次数：$Gen_{max}$，种群规模：$N$，邻域大小：$T$ \;
        \hspace{2.3em}外部存档容量：$1.5*N$，最大调整向量数：$nus$
    }
    \hspace{-0.5em}\KwOut{
        种群$P$ }

\caption{MaOEA/D算法\label{Algorithm:C4}}
\end{algorithm}

\end{document}

效果如下：

具体有没有什么图形参考，不知道是啥样的？

明显是字体的设计没有包含有中文字体的，就是说这个字体是英文的萝莉体，中文的字符他没有。

最好截图看看，我觉得从你的描述就没有问题。
你编译的文件是不是你文件夹里打开的嘛？最好核实下。

subequations 里面要有多个 equation 环境，就变成了子公式了。
带着星号提示是让你输入的，不能直接编译就用了。具体使用，CTeX FAQ 有详细的例子看看：