刚看到
以\textsanskrit{......}替换\begin{sanskrit}......\end{sanskrit}后，.toc文件很干净，编译后PDF文档目录正常，问题解决。
也许polyglossia宏包中\begin{}......\end{}梵语设置环境会使.toc文件写入字体选择指令\selectlanguage *{sanskrit}和\selectlanguage *[script=Devanagari,numerals=Devanagari]{sanskrit}。如全文只用梵文可能也没问题。
......
谢谢 Sagittarius Rover ！！！问题从根本上解决！（不用再改.toc文件）