你的 MWE 的内容并没有达到底部

\documentclass{beamer}
\linespread{3}
\begin{document}
\begin{frame}[allowframebreaks]
abc\\
abc\\
abc\\
abc\\
\vfil
abc\\
abc\\
abc\\
abc\\

\end{frame}

\end{document}

达到你的要求，我给出一个笨方法

\documentclass{beamer}
\setbeamertemplate{footline}{\vspace{1cm}}
\addtobeamertemplate{navigation symbols}{\vspace{-1cm}}
\linespread{3}
\begin{document}
\begin{frame}[allowframebreaks]
abc\\
abc\\
abc\\
abc\\
\vfil
abc\\
abc\\
abc\\
abc\\

\end{frame}

\end{document}

如果允许去掉导航，可以重新设置页码，设置垂直间距

\documentclass{beamer}
\setbeamertemplate{navigation symbols}{}
\setbeamertemplate{footline}{%
  \vskip 0.8cm%
  \usebeamercolor{page number in head/foot}%
  \usebeamerfont{page number in head/foot}%
  \hfill\insertframenumber\,/\,\inserttotalframenumber
  \kern1em\vskip4pt%
}
\linespread{3}
\begin{document}
\begin{frame}[allowframebreaks]
abc\\
abc\\
abc\\
abc\\
\vfil
abc\\
abc\\
abc\\
abc\\
\end{frame}
\end{document} 

既然要对齐，自定义一个环境反而更简单。

\documentclass[a4paper,12pt]{ctexart}
\usepackage{geometry}
\geometry{left=3cm,right=3cm,top=2.5cm,bottom=2.5cm}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{zhnumber}

%----- definition of problem environment -----%
\newcounter{thecounter}
\newenvironment{problem}[1][]{
    \stepcounter{thecounter}
    \par\noindent
    \textbf{\zhnum{thecounter}、（#1分）}
}{
    \par\medskip
}

\begin{document}
\section{第一题}

\setcounter{thecounter}{0}
\begin{problem}[10]
  证明 Rolle 定理：如果函数 $f(x)$ 在闭区间 $[a, b]$ 上连续，在开区间 $(a, b)$ 上可导，并且 $f(a) = f(b)$，那么存在至少一个$c\in  (a, b)$，使得 $f'(c) = 0$。
\end{problem}

\begin{problem}[5]
  证明 Rolle 定理：如果函数 $f(x)$ 在闭区间 $[a, b]$ 上连续，在开区间 $(a, b)$ 上可导，并且 $f(a) = f(b)$，那么存在至少一个$c\in  (a, b)$，使得 $f'(c) = 0$。
\end{problem}

\section{第二题}

\setcounter{thecounter}{0}
\begin{problem}[10]
  证明 Rolle 定理：如果函数 $f(x)$ 在闭区间 $[a, b]$ 上连续，在开区间 $(a, b)$ 上可导，并且 $f(a) = f(b)$，那么存在至少一个$c\in  (a, b)$，使得 $f'(c) = 0$。
\end{problem}
\begin{problem}[10000]
  证明 Rolle 定理：如果函数 $f(x)$ 在闭区间 $[a, b]$ 上连续，在开区间 $(a, b)$ 上可导，并且 $f(a) = f(b)$，那么存在至少一个$c\in  (a, b)$，使得 $f'(c) = 0$。
\end{problem}

\end{document} 

只需要在导言区加一行命令

\usefonttheme{professionalfonts}

它不仅能解决你的字体加粗问题

还能修复以下问题 (Beamer 类下 PDFLaTeX 编译正常，XeLaTeX 编译数学符号上标间距太小的问题)

把与 CJK 宏包部分相关的内容去掉，加上 ctex 宏包，再调整一下其他报错的部分就可以了。

改好的文件 pdfscreen-cn.zip

可以试试 enumerate 修改列表符号，可以调节间距，缩进也很好看.

% 导言区设置
\usepackage{enumitem}
\setlist{leftmargin=1.28cm}
\setlength\itemsep{1em}

\begin{frame}
例题1
\begin{enumerate}[label=\textcolor{red}{\kaishu 方法~\arabic*}]
  \item 方法一
  \item 方法二
  \item 方法三
\end{enumerate}
\end{frame}

test.zip

\documentclass[12pt, a4paper, oneside]{ctexart}
\usepackage[margin=1in]{geometry}
\usepackage{amsmath,amsthm,amssymb,amsfonts, fancyhdr, color, comment, graphicx, environ}
\usepackage{xcolor}
\usepackage{mdframed}
\usepackage[shortlabels]{enumitem}
\usepackage{indentfirst}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{enumitem}
\usepackage{tikz}

\renewcommand{\footrulewidth}{0.8pt}

\newenvironment{problem}[2][Problem]
    { \begin{mdframed}[backgroundcolor=gray!20] \textbf{#1 #2} \\}
    {  \end{mdframed}}

\newcommand*\circled[1]{\tikz[baseline=(char.base)]{\node[shape=circle,draw,inner sep=0.6pt,line width=0.5pt] (char) {\small #1};}} %fill=blue!20

\begin{document}

\begin{problem}{5}
    单相桥式全控整流电路，$U_2=200\mathrm{V}$，负载中$R=2\Omega$，$L$值极大，反电动势$E=100\mathrm{V}$，当$\alpha=45^{\circ}$时，要求：
    \begin{enumerate}[label=\protect\circled{\arabic*}]
        \item 画出$u_{\mathrm{d}}$、$i_{\mathrm{d}}$和$i_2$的波形；
        \item 求整流输出平均电压$U_{\mathrm{d}}$、电流$I_{\mathrm{d}}$以及变压器二次电流有效值$I_2$；
        \item 考虑安全裕量，确定晶闸管的额定电压和额定电流。
    \end{enumerate}
\end{problem}

\end{document}