请提供详细代码？这样我猜不出来。

.pdf_tex 里面具体是什么？是不是文本文件？

要看具体代码的？这样说一下，不知道怎么做，可以加 \pagestyle{empty} 测试下

你应该调整的是 \marginpar{\framebox[2em]{\themargin}} 这里的对齐和高度才可以，不能对着命令去做，徒劳了。

很简单的理解就是 一个是保持图片的总高度，比如旋转45度，变成了对角线的高度了，图片自然缩小了。一个是保持图片原始高度，这样旋转就会出现第二种情况。实际使用插图这类操作几乎用不到。

你如果是论文，这样映射只是省事，还是找个好用的编辑器支持正则表达式的，批量替换来得彻底一点。

用下面的例子看看：

\documentclass[11pt]{ctexbook}
\usepackage[ruled,vlined,linesnumbered,algo2e,resetcount,algochapter]{algorithm2e}
\usepackage{algorithm}

\makeatletter
\renewcommand\thealgorithm{\thechapter.\arabic{algorithm}}
\@addtoreset{algorithm}{chapter}
\makeatother

\begin{document}
\chapter{测试算法章节}
引用算法 \ref{Algorithm:C4}：
\begin{algorithm}[!hbp] 
    \DontPrintSemicolon
    \hspace{-0.5em}\KwIn{
        最大迭代次数：$Gen_{max}$，种群规模：$N$，邻域大小：$T$ \;
        \hspace{2.3em}外部存档容量：$1.5*N$，最大调整向量数：$nus$
    }
    \hspace{-0.5em}\KwOut{
        种群$P$ }

\caption{MaOEA/D算法\label{Algorithm:C4}}
\end{algorithm}

\end{document}

效果如下：

具体有没有什么图形参考，不知道是啥样的？

明显是字体的设计没有包含有中文字体的，就是说这个字体是英文的萝莉体，中文的字符他没有。

最好截图看看，我觉得从你的描述就没有问题。
你编译的文件是不是你文件夹里打开的嘛？最好核实下。

subequations 里面要有多个 equation 环境，就变成了子公式了。
带着星号提示是让你输入的，不能直接编译就用了。具体使用，CTeX FAQ 有详细的例子看看：

太老的中文支持方式了，如果是老模板，用 CTeX 去使用。建议变更中文支持方式。

文件在哪里？找到设置页眉的地方去掉就好了，一般都是 pagestyle 这样的。

有一个方案，你可以看看 IEEE 提供的方案，看看这个文档：https://www.latexstudio.net/index/details/index/mid/155.html

跨栏宏包，有个宏包叫 cuted 可以试用下，地址：https://ctan.org/pkg/cuted 这个宏包会有后遗症，版面会有异常，需要手工调整。

通常，我们给出版社的做法有几个作为参考：

1. 大型公式的共性部分进行替换，比如数学里 令 A = bla bla，把 A 替换到公式里，然后缩小公式；
2. 分式的分子分母或者根号内容进行折行，通常用 array 等进行折行操作，缩短公式的宽度；
3. 整体公式进行缩小，比如大型矩阵采用 smallmatrix 环境进行整体缩小的方式处理；

通常我们的大型公式都是有办法拆分成子公式的，纯粹靠版面调整，反而内容调整更加实际。