我使用如下命令编译出现了目录：
latexmk -pdfxe whu-beamer2015.tex我用的操作系统是 Windows，但这不影响上述命令的使用，按理说 Ubuntu 上完整安装 texlive 也一样可以用。
截图失效就不放了。
由于你压缩包里的目录结构是这样的：
whu-beamer2015
│ whu-beamer2015.tex
│
└───figures
whulogo.eps图片在你 .tex 文件所在目录的子目录下，因此，两种方法：
\logo{\includegraphics[height=0.09\textwidth]{whulogo.eps}}%% 武大校徽, MetaPost 文件.改成：
\logo{\includegraphics[height=0.09\textwidth]{./figures/whulogo.eps}}%% 武大校徽, MetaPost 文件.即可。
字体问题，有可能需要在系统内安装字体后，重新刷新字体缓存。可以参考
texdoc texlive
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关于图片路径，似乎这个模板的设置中有
\graphicspath{{figures/}}，所以似乎不应该额外设置。且一个优秀的模板理应是自洽的。如果缺少目录，也许你需要使用
latexmk工具或者多次使用xelatex编译。我强烈建议你 补充你的编译命令，并且告诉如何“稳定复现”：
附录lshort-zh-cn