如何隐藏bibtex自动生成的参考文献列表，以及item序号左对齐

所以我最后打算直接把bibtex生成的列表隐藏掉，自己写一个列表上去。但是直接注释掉\bibliography{thesis-references}会导致文章中的参考文献出错，不知道怎么解决?

你想要“自己写一个列表上去”是一个非常坏和反人类的做法。正常情况下，bibliography和正文内的\cite是一个label-ref对的引用关系，不应该“自己写一个列表上去”。你应该比较标准的比如gbt7714的样式与你目标样式的差异，再尝试修改.bst,用规范标准的bibtex工作流来实现『参考文献』.如果你想要去掉\bibliography,那你就不能在正文进行\cite...这是不规范的,也是不合理的.

打算直接把bibtex生成的列表隐藏掉

如果_一定要_实现隐藏...可以尝试用这个方法...

\documentclass[fontset=ubuntu]{ctexart}
\usepackage{bibentry}
\usepackage{gbt7714}
\bibliographystyle{gbt7714-numerical}
% https://tex.stackexchange.com/a/142845/322482
\begin{document}

Here is a cite\cite{article-full}.

这是另一处中文引用\cite{misc-full}.

\nobibliography{xampl}

\end{document}

我用item来新写一个列表，发现序号是右对齐的，查了很久不知道怎么修改

大致理解成你希望label左对齐，使用enumitem宏包的align=left选项即可：

\documentclass{ctexart}
\usepackage{enumitem}
\begin{document}

\begin{enumerate}[label={[\arabic*]},align=left,start=8]
    \item 我能吞下玻璃而不伤身体.
    \item 我能吞下玻璃而不伤身体.
    \item 我能吞下玻璃而不伤身体.
    \item 我能吞下玻璃而不伤身体.
\end{enumerate}

\end{document}

另外你这些参数{itemsep=2pt, partopsep=0pt, parsep=\parskip, topsep=5pt, itemindent = 0pt, labelindent = 10pt}都是确实需要的吗....

最后非常重要的是,你提供的代码不完整。MWE应该从\documentclass开始到\end{document}结束. BTW，一个问题应该只聚焦在一处，你有两处疑惑，正常情况下应该提两个问题.